加工貿(mào)易企業(yè)不可避免的會出現(xiàn)保稅料件在庫誤差，管理完善的企業(yè)也會少量的保稅料件理論在庫和實際在庫的誤差，但是誤差產(chǎn)生的正當(dāng)理由可以得到海關(guān)認可。加工貿(mào)易管理越完善，賬冊的在庫誤差就越少，但是零誤差是不可能的。例如正常的盤庫誤差，細小的零件跌落造成的誤差，賬冊和實際生產(chǎn)不同步造成的誤差等原因都會造成上述少量的在庫誤差。
企業(yè)為了確保企業(yè)賬賬相符，賬實相符，至少每年會進行一次料件和成品盤點，這也是會計制度的要求。加工貿(mào)易企業(yè)的年終盤點時間和企業(yè)的賬冊核銷周期最好吻合，這樣做有兩個好處。第一是可以準確計算出保稅料件的理論在庫與實際在庫的誤差數(shù)量；第二是在盤點中發(fā)現(xiàn)的在庫誤差，可以在賬冊核銷時進行處理。
保稅料件的在庫誤差分為在庫短少和在庫盈余兩種。無論在庫短少和在庫盈余都要在提交給海關(guān)的核銷報告上解釋造成在庫誤差的原因，并提出企業(yè)的處理意見。
在庫短少的處理意見一般是辦理內(nèi)銷補稅手續(xù)，而在庫盈余的處理意見一般是調(diào)整賬冊在庫，重新納入保稅料件管理。
只要海關(guān)認可在庫誤差產(chǎn)生的原因，并接受企業(yè)的處理意見，通過內(nèi)銷補稅和賬冊調(diào)整后，在庫誤差清零，加工貿(mào)易賬冊的理論在庫和實際在庫就會達成一致。在此基礎(chǔ)上開始新的一輪賬冊核銷周期，只有這樣才不會造成在庫誤差常年累積。
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